招商加盟企业在办理商业特许经营备案中的直营店应当注意以下问题：
直营店的数量和经营时间：根据《商业特许经营管理条例》的规定，特许人从事特许经营活动应当拥有至少2个直营店，并且经营时间超过1年。这是“两店一年”的基本要求，直营店的数量和经营时间必须满足这个条件才能进行备案。
直营店的经营状况：直营店的经营状况是特许人经营能力的重要体现，也是被特许人考察特许人经营状况的重要依据。因此，直营店应当保持良好的经营状况，具有盈利能力和稳定的市场地位。
直营店与加盟店的一致性：直营店的经营模式、服务标准、产品质量等方面应当与加盟店保持一致。这有助于维护特许经营体系的统一性和品牌形象，也有助于提高被特许人的经营成功率。
直营店的信息披露：特许人在进行商业特许经营备案时，需要向商务主管部门提交直营店的相关信息和资料。这些信息应当真实、准确、完整，包括直营店的名称、地址、经营时间、经营状况等。特许人不得隐瞒或提供虚假信息，否则将承担相应的法律责任。
直营店的合规性：直营店应当遵守相关法律法规和行业规定，确保经营活动的合规性和合法性。例如，直营店应当依法办理相关证照，遵守税收、劳动、环保等方面的法律法规。
直营门店的法律认可性：在商业特许经营备案中，对直营门店有严格的要求，必须是备案企业的分公司、或备案企业控股且股份占比达到51%及以上的子公司、或备案企业占股达到51%及以上股东名义开设的个体工商户直营门店才会被认可。
在实际经营中，企业往往经营多年的直营店在法律法规层面均不被认定为合法的直营店，比如直营店为子公司，但备案企业股份未达到51%以上，直营店为个体工商户，但经营者不是在备案企业占股51%及以上的股东，或者经营者根本不是公司显名股东，以及直营店与备案企业之间仅仅为兄弟公司或孙子公司关系等。
直营店建设是招商加盟企业构建自己商业模式的重要一环，企业应当严格按照相关法律法规的规定进行建设，为确保直营店建设的规范性，建议企业可以在建设时咨询商业特许经营领域的咨询师或专职律师，以获得准确的意见和建议。
