招商加盟企业在办理商业特许经营备案过程中，通常都会遇到因各种原因而被商务主管部门退回申请材料的情况，如果商业特许经营备案申请被商务主管部门退回了，您可以采取以下步骤进行处理：
1. 仔细阅读退回通知：
商务主管部门在退回申请时通常会提供一份退回通知，其中会详细说明退回的原因和需要补充或修改的内容。请务必仔细阅读并理解这些信息。
2. 分析退回原因：
根据退回通知中提供的信息，分析申请被退回的具体原因。可能的原因包括材料不齐全、信息填写错误、不符合备案要求等。
3. 补充或修改材料：
针对退回通知中指出的问题，及时补充或修改相关材料。如果需要提供更多证明文件或信息，请确保这些材料真实、准确并符合要求。
4. 重新提交申请：
在补充或修改完材料后，按照商务主管部门的要求重新提交申请。请注意提交的时限，以免错过规定的期限。
5. 咨询商务主管部门：
如果您对退回通知中的内容有疑问或不确定如何补充修改材料，可以主动联系商务主管部门进行咨询。他们将为您提供具体的指导和帮助。
6. 关注后续进展：
重新提交申请后，请密切关注商务主管部门的后续通知和进展。如果需要进一步沟通或提供其他材料，请及时响应并配合。
7. 寻求外部帮助：
如果您在处理过程中遇到困难或不确定如何操作，建议可以考虑寻求外部专门提供商业特许备案咨询和代理服务的咨询公司或执业律师的帮助。他们具有丰富的经验和相关事项的知识储备，可以为您提供有针对性的建议和支持。
请注意，商业特许经营备案申请被退回并不意味着您的申请失败，而是需要您根据退回通知中的要求进行补充或修改后重新提交。因此，请保持耐心和积极的心态，按照上述步骤进行处理。
