商业特许经营备案材料应当注意以下几个问题：
1. 材料的真实性：所提供的材料必须真实有效，不得有虚假记载、误导性陈述或重大遗漏。如果发现材料不真实，将会影响备案的顺利进行，甚至可能面临法律责任。
2. 材料的完整性：所提供的材料必须完整，包括所有必要的文件和证明。如果缺少必要的材料，可能会导致备案失败或延迟。
3. 材料的规范性：所提供的材料必须符合相关法规和规范性文件的要求。例如，特许经营合同样本必须符合《商业特许经营管理条例》的规定，操作手册必须详细描述特许经营体系的运作方式等。
4. 商标和专利权的证明：如果特许经营涉及商标和专利权的使用，必须提供相关的注册证书或许可证明。这些证明文件是证明特许人拥有并许可被特许人使用的知识产权和经营资源的重要证据。
5. 直营店经营证明：为了证明特许人具有成熟的经营模式和管理经验，通常需要提供两家直营店且经营一年以上的证明文件。这些文件可以包括营业执照、行业许可证、租赁合同、经营票据、纳税证明等。
6. 法定代表人身份证明：必须提供法定代表人的有效身份证件，以证明其身份和签署相关文件的合法性。
7. 商标使用一致性证明：如果实际使用的商标与注册的商标不一致，需要提交《商标注册证》或其他有效商标注册证明，以及商标使用许可协议等文件，以证明商标的合法使用和授权情况。
招商加盟企业在准备商业特许经营备案材料时，建议向专门从事商业特许经营备案咨询及代理的机构和执业律师进行咨询，或委托协助办理，通过服务机构服务的相关经验以确保材料的准确性和完整性，提高备案事项办理效率。同时，应严格遵守相关法律法规和程序要求，以确保备案的顺利进行。
