根据目前的信息，海南商家在京东开设药房自营店的流程大致可以分为以下几个步骤：
1. 确认资质要求：
-商家需要具备《药品经营许可证》。
-商家需要是一般纳税人，能够提供相应的税务发票。
-商家应持有《药品GSP证书》（药品经营质量管理规范认证）。
-需要有符合药品储存条件的仓库，并保证药品的储存质量。
-商家应提供公司营业执照、税务登记证明、药品经营许可证、GSP证书等相关文件的复印件。
2. 提交申请材料：
-商家需要准备完整的申请材料，包括但不限于公司简介、法人身份证明、商标注册证、产品质检报告、药品资质证明文件等。
-对于医疗器械销售，还需要提供医疗器械经营企业备案凭证。
-对于保健食品销售，需要提供保健食品相关的注册或备案文件。
3. 平台审核：
-提交材料后，京东平台将对商家的资质进行审核。
-审核通过后，商家会收到京东平台的邀请，进入下一阶段的流程。
4. 签订合同：
-商家与京东平台签订《京东自营合作协议》。
-明确合同条款，包括销售范围、、物流配送、售后服务等。
5. 店铺开设及运营：
-商家根据京东的要求进行店铺设置，包括店铺装修、商品上架等。
-商家应确保货源充足，并按照京东平台的运营规则进行销售和客户服务。
-商家需要与京东的采销部门建立联系，确保产品销售和库存管理顺利进行。
6. 实地考察和后续监管：
-京东可能会对已入驻的商家进行实地考察，以验证商家的运营能力和商品质量。
-商家在经营过程中需要持续遵守京东平台的规定和国家相关法律法规，接受平台的监管。
特别提醒，以上流程和要求可能会随着政策和市场环境的变化而调整，具体操作时，商家应参照新的京东平台规定和指南。对于海南商家而言，考虑到海南特殊的地理和经济环境，可能还需要符合海南省当地的特定要求。在正式开店前，建议与京东平台的客服或招商部门取得联系，获取新的信息指导。
