招商加盟企业没有在商务部进行备案（也就是没有商务备案、没有特许经营备案）处罚规定为：“由商务主管部门责令限期备案，处1万元以上5万元以下的罚款；逾期仍不备案的，处5万元以上10万元以下的罚款，并予以公告。”
具体法律规定如下：
《商业特许经营管理条例》第二十五条规定，特许人未依照本条例第八条的规定向商务主管部门备案的，由商务主管部门责令限期备案，处1万元以上5万元以下的罚款；逾期仍不备案的，处5万元以上10万元以下的罚款，并予以公告。
《商业特许经营管理条例》第八条，就是“加盟备案”的法律规定，具体规定如下：《商业特许经营管理条例》第八条规定，特许人应当自订立首份特许经营合同之日起15日内，依照本条例的规定向商务主管部门备案。在省、自治区、直辖市范围内从事特许经营活动的，应当向所在地省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门备案；跨省、自治区、直辖市范围从事特许经营活动的，应当向国务院商务主管部门备案。
根据《商业特许经营管理条例》之规定，特许人从事特许经营活动应当拥有至少2个直营店，并且经营时间超过1年。特许人应当自订立首份特许经营合同之日起15日内，依照本条例的规定向商务主管部门备案。
特许人不具备“两店一年”而从事特许经营活动的，由商务主管部门责令改正，没收违法所得，处10万元以上50万元以下的罚款，并予以公告。
特许人未按规定备案的，由商务主管部门责令限期备案，处1万元以上5万元以下的罚款;逾期仍不备案的，处5万元以上10万元以下的罚款，并予以公告。
需要特别指出的是，未进行商务备案可能会影响特许人的行政方面的相关处罚，但这并不影响加盟合同的效力。因为《商业特许经营管理条例》第八条规定的特许经营备案属于管理性强制规定，并非效力性强制规定，公司没有进行备案而擅自从事特许加盟经营活动的，并不会导致加盟合同无效。
为了避免不必要的法律风险和经济损失，特许人在进行招商加盟之前，应确保已按照相关法规完成商务备案手续。
