商业特许经营合同在特许经营备案中的重要性不言而喻，因为合同里面的规定确实是关于品牌方和加盟商的方方面面，也维护着双方的利益，制约着双方的行为。商业特许经营备案是规范加盟行业、保障各方权益的重要举措，而商业特许经营合同在其中扮演着至关重要的角色。
一、从法律层面来看
根据《商业特许经营管理条例》等相关法规，国家对加盟行业有着明确的规范。商业特许经营合同是特许人与被特许人之间权利义务的重要约定，也是备案审查的关键内容之一。未依照规定向商务主管部门备案的特许人，将面临相应的罚款等处罚。
二、在企业自身的权益保护方面
商业特许经营合同的存在具有重要意义。在商务部进行了商业特许经营备案后，只有备案企业有权对外从事特许经营活动，这更大程度地加强了对公司知识产权以及经营模式、特许经营体系的保护。也使得企业对加盟商的约束和管理有了更加可靠的法律依据。
三、从招商加盟的角度分析
加盟连锁经营模式在国内发展迅速，但诈骗新闻也屡见不鲜。商业特许经营备案成为了体现一个连锁加盟企业是否正规合法经营及拥有成熟经营模式的重要条件。而商业特许经营合同则是这一判断的重要依据之一。
四、商业特许经营合同明确了双方的权利和义务
其中包括特许人提供的经营资源、被特许人的经营模式和费用支付等方面。这有助于避免潜在的纠纷，保障双方的利益。
五、在备案主体方面，也有一定的要求。
例如，备案主体公司需满一年，商标拿到证书满一年，且要有两家直营店并且经营时间满一年，直营店需满足一定条件，如直营店为分公司、控股的子公司、股权超过51%以上控股股东或者其配偶名义下的个体户等。
商业特许经营合同在商业特许经营备案中具有不可取代的重要性。它不仅是法律规范的要求，也是保障企业和加盟商权益、促进加盟行业健康发展的关键因素。
