流程是不管在国家哪一个部门申请资质都需要经历的，特别是国家任何部门办事情，都是需要循序渐进的！同样的，在国家商务部相关部门办理商业特许经营企业流程通常遵循以下步骤：
一、准备备案材料
企业需准备以下纸质版材料：
商业特许经营基本情况说明。
中国境内全部被特许人的店铺分布情况表。
特许人的市场计划书。
企业法人营业执照或其他主体资格证明文件的原件及复印件。如外资公司，还需提交外资公司批准证书副本原件、复印件。如注册公司营业执照登记事项发生变更，应提交工商行政主管部门出具的工商登记变更证明。
与特许经营活动相关的商标权、专利权及其他经营资源的注册证书原件及复印件。如注册商标、专利、企业标志、专有技术等经营资源已由相关部门受理中的，需提交受理通知书原件及复印件；如注册商标、专利、其他经营资源是他人授权使用的，需提交具有法律效力的许可使用授权书原件及复印件。
注册公司法定代表人身份证原件、复印件。法定代表人系港、澳、台地区居民，应提交港、澳、台通行证；法定代表人系外国公民的，应提交法定代表人护照及翻译件（翻译件应加盖中国大陆境内有资质的翻译公司公章，并附翻译公司营业执照副本复印件）。
国家法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品和服务，须提交相关主管部门的批准文件的原件及复印件。
2007年5月1日前从事特许经营的特许人需提交特许人与本市的被特许人订立的首份特许经营合同原件及复印件；2007年5月1日后从事特许经营的，除特许人需提交订立的首份特许经营合同原件及复印件外，还应提交符合《商业特许经营条例》第七条第二款规定的证明文件的原件及复印件。
如公司委托其员工办理备案，应提交授权委托书（委托书应写明受托人姓名、身份证号、委托事项、委托书有效期限，并由委托人签字盖章）原件、受托人的身份证原件及复印件；如特许人委托服务机构进行备案，须提交授权委托书原件、受托服务机构资质证书原件及复印件、指定承办人身份证原件及复印件，以及法律服务机构介绍信原件。
经法定代表人签字盖章的特许人承诺书。
二、提交备案申请
提交纸质材料：特许人向所在地省级商务主管部门（注册地在境外的企业向商务部）提交申请备案的纸质材料，以获得商业特许经营管理系统登录号和密码。
网上注册与填报：特许企业登录商务部《商业特许经营信息管理系统》（网址：http://txjy.mofcom.gov.cn/），或中国商业特许经营网进行企业注册，并等待商务主管部门审核，获取登录号。获得登录号后，企业需登录至企业后台，按照系统要求准确、完整地填报并提交备案材料。系统中要求提交的有关材料电子版文档，应上传原件的PDF格式扫描件。
三、审核与公告
审核材料：商务主管部门对特许企业提交的纸质和系统上的备案资料进行审核。
备案与公告：对于符合规定的申请材料，商务主管部门自材料收到起10日内予以备案，并在商业特许经营信息管理系统上予以公告，向特许人发放备案证明。对于提交申请资料不完备的，要求申请人在7日内补充提交，补充齐全之日起10日内予以备案和公告，并向特许人发放备案证明。
四、后续管理
备案办理下来后，每年需要进行年检，主要汇报加盟商、直营店等情况。在办理过程中及后续经营中，企业需要遵守相关法律法规，提供真实有效的材料，确保特许经营活动的合法性和规范性。
办理商业特许经营企业商务部备案需要企业精心准备材料、按照规定流程提交申请，并积极配合商务主管部门的审核工作。
