在当前部分省/市审核特许经营企业的商业特许经营备案材料及条件时，商务主管部门认为占股51%及以上股东配偶名下的与备案项目相同的个体工商户门店，不能被认定为直营门店。经过小编代表遇到次类情况的备案企业与商务主管部门的沟通和查阅相关法律法规，我们认为商业特许经营备案不认可配偶名下的直营店的主要原因可能在于备案的严谨性和规避潜在风险。
商业特许经营备案是一项严格的法律程序，要求特许人必须具备成熟的经营模式，并拥有至少两个直营店，且经营时间超过一年。这一要求是为了确保特许人具备足够的经验和能力来指导被特许人，并维护整个特许经营体系的稳定性和声誉。
直营店通常是由特许人及其关联公司直接控制和经营的店铺，这样的规定旨在体现特许人的经营能力和模式。如果允许将配偶名下的店铺视为直营店，那么可能会引发一系列的问题和风险。例如，可能会出现利益输送、虚假报告等不正当行为，这会损害特许经营体系的公平性和透明度。
从法律角度来看，配偶名下的店铺与特许人之间可能存在复杂的法律关系，如股权结构、经营决策权等。这些因素都可能影响直营店的真实性和合规性，从而增加备案机构的审核难度和风险。
根据《民法典》相关部分内容的规定，夫妻在婚姻关系存续期间通过生产、经营、投资所得的收益，为共同财产，但夫妻对共同财产，有平等的处理权。也就是说，配偶名下的个体工商户，其配偶有自主决定日常经营管理等方面的决定权，不一定会受备案企业的完全管理，在日常经营管理上存在一定的风险。既然作为共同财产，就有可能受到另一方债务风险所带来的影响。
为了维护商业特许经营备案的严谨性和规避潜在风险，备案机构通常不认可配偶名下的直营店作为特许人的直营店。这样做可以确保特许人真正具备成熟的经营模式和能力，从而保障整个特许经营体系的稳定性和可持续性。
请注意，具体的法律和政策可能因地区和具体情况而有所不同。在实际操作中，建议咨询相关领域的人士以获取准确和具体的法律意见。