根据法律规定，药店连锁企业如果要合法开展招商加盟活动，必须要进行商业特许经营备案。要进行商业特许经营备案需要满足一定条件，并准备相应的材料。以下是相关的条件和所需材料的概述，以及一些注意事项：
需要满足的条件：
1. 企业资格：连锁药店必须是合法注册的企业，并拥有开展特许经营的资质。
2. 商标或专利：连锁药店需要拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源。
3. 成熟的经营模式：连锁药店需要具备成熟的经营模式，并有为被特许人持续提供经营指导、技术支持和业务培训等服务的能力。
4. 直营店运营：需要拥有至少2个直营店，并且经营时间超过1年。这是为了证明连锁药店具有成熟的经营模式和成功经验。
备案所需材料：
1. 商业特许经营基本情况表：详细填写药店的基本情况，包括企业名称、注册地址、法定代表人等信息。
2. 市场计划书或分析报告：说明连锁药店的特许经营模式、发展规划、市场预测等。
3. 企业法人营业执照或其他主体资格证明：证明连锁药店的合法经营资格。
4. 与特许经营活动相关的商标权、专利权及其他经营资源的注册证书：证明连锁药店拥有相关的经营资源。
5. 两家直营店的证明文件：包括工商营业执照、租赁合同等，证明连锁药店拥有至少两家直营店，并且经营时间超过1年。
6. 特许经营合同样本：提供连锁药店与被特许人签订的特许经营合同样本。
7. 相关经营许可证明：证明直营药店拥有合法的经营资格。
8. 其他相关材料：根据当地商务主管部门的要求，可能需要提供其他相关材料。
注意事项：
1. 确保材料真实有效：所有提交的材料必须真实有效，不得有虚假陈述或伪造文件。
2. 遵守法律法规：连锁药店在进行特许经营活动时，必须遵守相关的法律法规，包括但不限于《商业特许经营管理条例》等。
3. 保护被特许人利益：连锁药店需要为被特许人提供必要的支持和服务，确保其成功经营。也要在合同中明确双方的权利和义务，保护被特许人的合法权益。
4. 持续更新和改进：连锁药店需要不断更新和改进自身的经营模式和服务，以适应市场的变化和满足被特许人的需求。
5. 咨询相关人士：在进行商业特许经营备案时，建议咨询或委托具有丰富经验的专门提供商业特许经营备案咨询及代理的机构，以确保整个过程的合法性和规范性。