新疆商业特许经营备案的办理材料、流程和注意事项如下：
一、办理材料：
1. 营业执照复印件或企业登记（注册）证书复印件。
2. 特许经营合同样本。
3. 特许经营操作手册。
4. 市场计划书。
5. 与特许经营活动相关的商标权、专利权及其他经营资源的注册证书。
6. 符合《商业特许经营管理条例》第七条规定的书面承诺及相关证明材料。
7. 国务院商务主管部门规定的其他文件、资料。
二、办理流程：
1. 特许企业准备备案所需材料（纸质版），注册地在境内的企业提交至所在省级主管部门。
2. 特许企业登录商务部业务系统统一平台企业端，进入“商业特许经营信息管理系统”，进行特许企业注册并等待商务主管部门审核，获取登录号。
3. 商务主管部门审核特许企业注册信息和纸质材料无误后，发放登录号。
4. 特许经营企业收到登录号后，在企业后台填报提交相关信息。
5. 商务主管部门对特许企业所提交的相关信息进行审核，确认无误后予以公告。
三、注意事项：
1. 备案主体公司必须满一年，且拥有成熟的经营模式，具备为被特许人持续提供经营指导、技术支持和业务培训等服务的能力。
2. 拥有至少两个直营店，并且经营时间超过一年。
3. 商标必须已经取得注册证书，且满一年。
4. 特许经营合同是整个特许关系的核心，应详细、明确地规定双方的权利和义务。
5. 如果未进行备案而擅自开展连锁加盟服务，一旦发生投诉问题，企业将面临罚款、停止开展特许服务活动等风险。
请注意，这些信息可能随时间而发生变化，建议在进行商业特许经营备案前咨询当地商务主管部门或专门提供商业特许经营备案咨询与代理的机构和律师，以获取准确的信息。
