餐饮企业在进行商业特许经营备案时，应当注意以下几个问题：
1. 了解备案要求：首先，要清楚商业特许经营备案的法规和要求，包括《商业特许经营管理条例》等相关法规，确保企业满足备案条件。
2. 准备充分材料：根据备案要求，准备充分的材料，包括但不限于公司营业执照副本和年检证明原件及复印件，或其他主体资格证明文件原件及复印件；与特许经营业务相符的商标权、企业标志、专利权、专有技术等经营资源的注册证书原件及复印件；特许经营合同样本等。
3. 确保“两店一年”条件：餐饮企业要确保自身满足“两店一年”的条件，即拥有至少两家直营店，且这两家直营店的经营时间均超过一年。这是进行特许经营备案的基础条件。
4. 商标及知识产权问题：如果特许经营协议中涉及或包括商标使用许可，应按照法律及行政法规规定，建议及时向商标局备案。同时，要确保不侵犯他人的商标或知识产权。
5. 遵守商业特许经营法规：在特许经营活动中，要遵守《商业特许经营管理条例》等相关法规，不得进行虚假宣传、欺诈等违法行为。
6. 持续监督与管理：在备案后，餐饮企业还需要对受许人进行持续的监督与管理，确保受许人按照合同约定进行经营活动，维护品牌形象和声誉。
7. 拥有前置许可：餐饮企业在经营过程中，直营门店必须获得食品经营许可证，才能够合法开展并提供餐饮服务，另外，从业人员必须严格按照规定办理健康证等。
餐饮企业在进行商业特许经营备案时，应认真了解备案要求，准备充分材料，确保满足“两店一年”条件，注意商标及知识产权问题，并遵守相关法规，以确保备案的顺利进行和后续特许经营活动的合规性。
