自然人(个人)股东股权转让中，分为两类：有限责任公司中自然人股东叫股权转让，股份有限公司叫做股票转让。
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一、股权转让涉税问题
(一)有偿转让股权涉税问题
1.印花税
股权转让所立的数据属于产权转移书据，应按照万分之五计征印花税。
2.个人所得税
按照财产转让所得，就取得的股权转让收入缴纳个税，税率20%。
应纳税额=(股权转让收入-股权原值-转让过程中发生的合理费用)*20%
3.土地增值税
如果自然人所在企业的股权里面是房屋、土地这些不动产，把持有的股权转让后，是否需要缴纳土地增值税呢？
为了防止通过股权转让的名义逃避缴纳土地增值税，税务总局对此类转让全部股权的行为，按照转让不动产征收土地增值税(可参考国税函【2000】687号规定)。
(二)无偿转让股权涉税问题
1.举例：
公司(有限责任公司)股东是由三个人组成的，分别是老板,老板娘和老板的朋友C(C和他俩没有其他关系)，现在老板想要把部分股权无偿转让给老板娘，请问需要缴纳个税和印花税吗？如果C也把所持有的股权转让给老板娘，C需要缴纳印花税和个税吗？
2.解答：老板无需缴纳个税和印花税；C需要缴纳个税，无需缴纳印花税；
3.理由：
(1)在股权转让时,以下4种情形不用交个税:
①所投资企业连续三年以上(含三年)亏损;
②因政策调整的原因而低价转让股权;
③直系亲属之间转让:即将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;
④经主管税务机关认定的其他合理情形。
(2)老板将股权转让给配偶，也就是老板娘，属于第③种情况，不征个税，而C无偿转让股权不属于以上任何一种情况，主管税务机关会认定为股权转让收入偏低且无正常理由(这里C直接是0金额转让)，核定C的股权转让收入征收个税；
(3)根据印花税暂行条例的规定，股权转让合同，按合同载明的股权转让金额的0.05%计算缴纳印花税。
无偿转让股权的合同，合同载明的转让金额实际为0元，据此计算，无偿转让股权的转让方和接受方应缴纳的印花税为0元。
二、股票转让涉税问题
1.增值税
(1)如果自然人股东转让的是上市公司股票，免征增值税；
(2)如果是转让挂牌公司股票，是否缴纳增值税需要咨询当地税局机关，每个地方的政策是不一样的。
2.印花税
和股权转让不同，自然人转让股票，按照证券交易缴纳印花税，属于单边(卖出方)按照千分之一税率征收。
3.个人所得税
(1)自然人转让持有的境内上市公司股票，比如A股、B股，免征个税；
(2)如果是境外上市的H股、美股需要缴纳个税；
(3)挂牌公司：非原始股免，原始股征。
三、股权转让流程
(一)税务机关变更资料
自然人纳税人在纳税义务发生后次月15日内，携带下列资料到主管税务机关或者行政中心税务窗口办理股权变更纳税申报手续:
1.股权转让协议书
2.转让双方身份证复印件
3.股东会决议、公司新章程或修正案
4.取得股权成本相关资料
5.股权转让协议签订前三个月的财务报表(以当地税局要求提供的报表期间为准)
6.按规定需要资产评估的，需提供具有法定资格的中介机构出具的净资产或土地房产等资产价值评估报告(股权转让时点)
7.转让收入明显偏低且有正当理由的证明材料原件
8.有房产土地的提供房屋、土地产权证复印件
9.非纳税人或扣缴义务人本人办理的，提供经办人身份证，同时提供书面的办理股权转让授权书
10.主管税务机关要求报送的其他资料
如果主管税务机关对前三个财务报表有异议的，可要求提供其他账册、原始凭据等材料
(以上1-5项为必报资料，6-10项为选报资料，办理人应对资料的真实性负责。)
(二)工商局变更资料
1.公司备案登记申请书
2.出资比例表
3.股东会决议/决定
4.股权转让合同/协议
5.公司章程
6.新法人/新股东身份证复印件
█特别提醒：在工商部门提交资料前，涉及股权转让人员都必须进行“登记注册身份验证”，否则工商部门会不予受理此次提交的变更资料哦。
四、股权转让账务处理
(一)举例：甲公司为一家有限责任公司，自然人股东A转让了部分股权给B，并签订了股权转让协议，A收到B打来的80万元的转让款，甲公司账务处理：
1.根据股权转让协议，账务处理：
借：实收资本-原股东A 80万元
贷：实收资本-原股东B 80万元
2.如果B是通过公司账户进行支付的，账务处理：
(1)B新股东交款时：
借：银行存款 80万元
贷：其他应付款-代付股权转让款 80万元
(2)支付给原股东A时：
借：其他应付款-代付股权转让款 80万元
贷：银行存款 80万元