连锁企业办理商业特许经营资质的流程通常包括以下几个步骤：
1. 企业注册：连锁企业需要确保已经在工商行政管理部门完成了合法注册，并取得了企业法人营业执照。这是开展任何商业活动的基础。
2. 准备相关材料：在申请商业特许经营资质之前，连锁企业需要准备一系列相关的材料。这些材料通常包括但不限于：企业法人营业执照副本、与特许经营活动相关的商标权、专利权等经营资源的注册证书、特许经营合同样本、市场计划书、运营手册等。
3. 提交备案申请：准备好所有必要材料后，连锁企业需要向所在地的商务主管部门提交商业特许经营备案申请。申请时，应填写完整的备案申请表，并附上所有相关材料。
4. 主管部门审核：商务主管部门在收到申请后，会对提交的材料进行审核。审核过程中，主管部门可能会要求企业提供更多的信息或进行现场核查，以确保企业符合商业特许经营的相关条件。
5. 备案公示：如果审核通过，商务主管部门会在商务部网站上对通过备案的连锁企业进行公示。公示期通常为一段时间，用于接受公众的监督和反馈。
6. 领取备案证明文件：当前部分省/市商务主管部门会为企业下发备案证明，但绝大部分省/市商务主管部门的备案审核工作已备案公示为止。
7. 后续监管与更新：获得商业特许经营资质后，连锁企业需要遵守相关的法律法规和规定，定期向商务主管部门报送经营情况报告，并在必要时更新备案信息。
备案企业应当注意的是，全国各省/市对商业特许经营备案的审核权限、流程的下放程度，以及材料、资格要求等是不一致的，一切以所在地商务主管部门的具体要求为准，建议企业积极向商务主管部门，或专门从事商业特许经营咨询和备案代理服务的机构和执业律师咨询了解具体要求。
